Qu'est-ce que la pharmacogénomique ?
Que sont la pharmacogénétique et la pharmacogénomique?
Les termes «pharmacogénétique» et «pharmacogénomique» sont fréquemment utilisés dans la littérature concernant la médecine personnelle (ou personnalisée). Même s’il n’existe encore aucun véritable consensus sur les définitions propres à chacun de ces termes, il est néanmoins possible de dégager certaines caractéristiques permettant de les distinguer.
La pharmacogénomique est un terme qui a été introduit à la fin des années 1990 et qu’on peut définir de manière large comme étant l’étude des variations des effets toxiques ou thérapeutiques des médicaments sur la base d'une analyse des informations contenues dans le génome entier d’un individu. Les études pharmacogénomiques portent aussi bien sur les variations interindividuelles des séquences génétiques elles-mêmes que sur les variations de l’expression des gènes.
Par contraste, le terme «pharmacogénétique» est utilisé depuis les années 50 pour désigner les recherches portant sur des gènes candidats spécifiques susceptibles d’expliquer l’existence de variations dans la manière dont un individu répond à un médicament (en termes d’effets secondaires ou d’efficacité clinique, principalement). Les gènes candidats visés dans les études pharmacogénétiques sont sélectionnés en fonction de mécanismes dont on sait déjà ou dont on suspecte qu’ils sont impliqués dans les prédispositions à développer certaines maladies, ou dans l’absorption, le métabolisme, le transport ou l’excrétion de médicaments. Cette sélection de gènes peut également avoir lieu sur la base de cibles médicamenteuses (i.e. des molécules cellulaires ou extracellulaires sur lesquelles se fixent les médicaments et qui jouent un rôle clé dans l'efficacité de ces derniers). Par opposition, la pharmacogénomique suit une approche libre de toute hypothèse et porte sur l’ensemble du génome.
Malgré ces différences notables, il existe une interdépendance entre ces deux champs de recherche. Aussitôt que des recherches pharmacogénomiques portant sur l’ensemble du génome ont permis d’identifier des gènes ou des marqueurs génétiques impliqués dans les mécanismes influençant l’action ou les effets secondaires d’un médicament, chaque gène doit ensuite faire l’objet d’études pharmacogénétiques – reposant sur une ou des hypothèses spécifiques – pour qu’il soit possible de confirmer son rôle et valider toute application clinique potentielle en découlant.
Nous avons choisi d’utiliser le terme «pharmacogénomique» sur ce site Internet, étant toutefois précisé que les discussions et les concepts qui y sont abordés sont également pertinents dans le domaine de la pharmacogénétique.
Adapté de Ozdemir et Lerer (2005), "Pharmacogenomics and the promise of personalized medicine". Dans: Pharmacogenomics, Second Expanded Edition. Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF (Editors), Francis & Taylor: New York, pp. 13-50.
Sélection de références
Bailey, D.S., Bondar, A., Furness, L.M. (1998) "Pharmacogenomics - it's not just pharmacogenetics" Curr Opin Biotechnol 9(6): 595-601.
Bertilsson, L., Alm, C., De Las Carreras, C., Widen J., Edman G., Schalling D. (1989) "Debrisoquine hydroxylation polymorphism and personality" Lancet 1(8637): 555.
Eichelbaum, M., Spannbrucker, N., Dengler, H.J. (1975) "Lack of N-oxidation of sparteine in certain healthy subjects" Sixth International Congress of Pharmacology, Helsinki, July 20-25, 1071.
Eichelbaum, M., Spannbrucker, N., Steincke, B., Dengler, H.J. (1979) "Defective N-oxidation of sparteine in man: a new pharmacogenetic defect" Eur J Clin Pharmacol 16: 183-87.
Evans, D.A., Manley, K.A., McKusick, V.A. (1960) "Genetic control of isoniazid metabolism in man" BMJ 2: 4484-91.
Gonzalez, F.J., Skoda, R.C., Kimura, S., Umeno, M., Zanger, U.M., Nebert, D.W., Gelboin, H.V., Hardwick, J.P., Meyer, U.A. (1988) "Characterization of the common genetic-defect in humans deficient in debrisoquine metabolism" Nature 331: 442-46.
Gurwitz, D., Motulsky, A.G. (2007) "'Drug reactions, enzymes, and biochemical genetics': 50 years later" Pharmacogenomics 8: 1479-84.
Hopkins, M.M., Ibarreta, D., Gaisser, S., Enzing, C.M., Ryan, J., Martin, P.A., Lewis, G., Detmar, S., van den Akker-van Marle M.E., Hedgecoe, A.M., Nightingale, P., Dreiling, M., Hartig, K.J., Vullings, W., Forde, T. (2006) "Putting pharmacogenetics into practice" Nat Biotechnol 24(4): 403-10.
Kalow, W. (1962) Pharmacogenetics. Heredity and the Response to Drugs. W. B. Saunders Co., Philadelphia, London.
Mahgoub, A., Idle, JR, Dring, L.G., Lancaster, R., Smith, R. (1977) "Polymorphic hydroxylation of debrisoquine in man" Lancet 2, 584-6.
Masimirembwa, C.M., Johansson, I., Hasler, J.A., Ingelman-Sundberg, M. (1993) "Genetic polymorphism of cytochrome P450 CYP2D6 in Zimbabwean population" Pharmacogenetics 3: 275-80.
Masimirembwa, C., Persson, I., Bertilsson, L., Hasler, J., Ingelman-Sundberg, M. (1996). "A novel mutant variant of the CYP2D6 gene (CYP2D6*17) common in a black African population: association with diminished debrisoquine hydroxylase activity" Br J Clin Pharmacol 42: 713-19.
Motulsky, AG. (1957) "Drug reactions, enzymes and biochemical genetics" JAMA 165: 835-37.
Nebert, DW. (1999) "Pharmacogenetics and pharmacogenomics: Why is this relevant to the clinical geneticist?" Clin Genet 56: 247-58.
Nebert, D.W., Zhang, G., Vesell, E.S. (2008) "From human genetics and genomics to pharmacogenetics and pharmacogenomics: past lessons, future directions" Drug Metab Rev 40: 187-224.
Ozdemir, V., Lerer, B. (2005) "Pharmacogenomics and the promise of personalized medicine". In: Pharmacogenomics, Second Expanded Edition. Kalow W, Meyer UA, Tyndale RF (Editors), Francis & Taylor: New York, pp. 13-50.
Ozdemir, V., Kalow, W., Tothfalusi, L., Bertilsson, L., Endrenyi, L., Graham, J.E. (2005) "Multigenic control of drug response and regulatory decision-making in pharmacogenomics: The need for an upper-bound estimate of genetic contributions" Curr Pharmacogenomics Person Med 3, 53-71.
Pirmohamed, M. (2001) "Pharmacogenetics and pharmacogenomics" Br J Clin Pharmacol 52: 345-47.
Vogel, F. (1959) "Moderne problem der humangenetik" Ergeb Inn Med U Kinderheilk 12: 52-125.
Wilke, R.A., Mareedu, R.K., Moore, J.H. (2008) "The pathway less traveled: Moving from candidate genes to candidate pathways in the analysis of genome-wide data from large scale pharmacogenetic association studies" Curr Pharmacogenomics Person Med 6(3): 150-59.
